Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου

To Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου το οποίο υπάγεται απευθείας στο Γενικό Γραμματέα της Αποκεντρωμένης Διοίκησης, έχει έδρα το Ηράκλειο και ως αρμοδιότητα ιδίως τον έλεγχο της διοικητικής δράσης όλων των Υπηρεσιών της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Κρήτης, ώστε να προλαμβάνονται και να αποκαθίστανται διοικητικές και οργανωτικές δυσλειτουργίες.
Στις αρμοδιότητες του Τμήματος ανήκει και η διερεύνηση καταγγελιών πολιτών, καθώς και η υποχρέωση υποβολής, ανά τρίμηνο, αναλυτικής Έκθεσης στο Γενικό Γραμματέα της Αποκεντρωμένης Διοίκησης σχετικά με τη λειτουργία κάθε οργανικής μονάδας ξεχωριστά. Επίσης, έχει την ευθύνη οργάνωσης συντονιστικών συσκέψεων προϊσταμένων Υπηρεσιακών μονάδων για θέματα της Αποκεντρωμένης Διοίκησης υπό το Γενικό Γραμματέα.